Postdoctoraal onderzoeker microbioomdata-analyse & infrastructuur bij LUMC

Geavanceerde microbiome-data-analyse, innovatieve infrastructuurontwikkeling en samenwerking met uiteenlopende onderzoekers komen samen in deze functie. Als postdoctoraal onderzoeker microbioomdata-analyse & infrastructuur werk je op het snijvlak van bio-informatica, microbiologie en translationeel onderzoek binnen het LUMC. Je ontwikkelt analyses en tools die door veel onderzoekers worden gebruikt en direct bijdragen aan wetenschappelijke vooruitgang. Tegelijkertijd ondersteun je een breed scala aan onderzoeksprojecten binnen een multidisciplinaire onderzoeksomgeving. Zo vergroot je niet alleen de impact van je eigen werk, maar ook die van vele onderzoekers om je heen.

Wat ga je doen?

Ongeveer de helft van je tijd werk je voor het Center for Microbiome Analyses & Therapeutics (CMAT) en de andere helft binnen de onderzoeksgroep Microbiome Systems Biology van Georg Zeller. De nadruk ligt op het uitvoeren van hoogwaardige microbiome-data-analyses, het ontwikkelen van robuuste analyse-infrastructuur en het ondersteunen van meerdere onderzoeksprojecten tegelijkertijd. Daarbij lever je een belangrijke bijdrage aan onderzoek door betrouwbare workflows, analyses en hulpmiddelen beschikbaar te maken voor onderzoekers en partners binnen en buiten het LUMC.

Je belangrijkste taken zijn:

• Voeren microbiome-data-analyses uit voor CMAT-opdrachtgevers en onderzoeksprojecten, waaronder taxonomische en functionele profilering, statistische analyses, visualisaties en rapportages.
• Ontwikkelen, automatiseren en standaardiseren analysemethoden tot betrouwbare en goed gedocumenteerde workflows voor routinematig gebruik.
• Ontwerpen en onderhouden gedeelde analyse-infrastructuur, waaronder pipelines, HPC-omgevingen, data- en metadatabeheer en interne R- en Python-pakketten.
• Coördineren meerdere analyseverzoeken tegelijk, stemmen af met stakeholders en bewaken planning, kwaliteit en voortgang van projecten.

Daarnaast draag je bij aan gezamenlijke onderzoeks- en softwareontwikkelingsprojecten, voer je maatwerk bio-informatica-analyses uit en schrijf je mee aan wetenschappelijke publicaties die voortkomen uit de projecten waaraan je bijdraagt.  

Wat neem je mee?

Zorgvuldig analyseren geeft energie. Het opleveren van betrouwbare en reproduceerbare resultaten wordt gezien als een belangrijke bijdrage aan gezamenlijk onderzoek. Contact met onderzoekers, clinici, industriële partners en bio-informatici verloopt gemakkelijk. Analysevragen worden snel doorgrond door de juiste vragen te stellen, terwijl risico’s tijdig worden gesignaleerd en praktische oplossingen worden aangedragen. Continu verbeteren staat centraal: processen slimmer, efficiënter en beter herbruikbaar maken is een vanzelfsprekend onderdeel van de werkwijze.

Daarnaast beschik je over:

• Een afgeronde promotie (PhD) in een biomedisch of kwantitatief vakgebied, zoals computational biology, bioinformatica, microbiologie met een sterke computationele component of een vergelijkbare richting.
• Ervaring met microbiome-data-analyse (16S en/of shotgun metagenomics), inclusief taxonomische en functionele profilering, statistische analyses en visualisatie van resultaten.
• Uitstekende programmeervaardigheden in R en bij voorkeur ook Python, aangevuld met ervaring met Unix/Linux, HPC-omgevingen, Git en reproduceerbare analyseomgevingen, bij voorkeur Nextflow.
• Ervaring met het begeleiden van meerdere projecten tegelijkertijd en interesse in het ontwikkelen van infrastructuur en hulpmiddelen die door veel onderzoekers worden gebruikt.

Klik hier voor de volledige vacature.
Solliciteren is mogelijk tot 22 juni 2026